仓鼠托运要按照要求办理动物免疫证明，前往航空公司货运部办理托运手续，在机场大厅柜台说明一下托运宠物的情况，得到机场人员同意后才能上飞机。如是出入境，还必须办理相关手续。托运包装要按照机场的要求安置于符合规定的仓鼠笼子里，捆扎牢固，还要能够承受一定的压力。
宠物是不能随身携带上飞机的，只能办理托运。有的飞机是没有氧货舱的，这样的飞机是不能托运宠物的。
办理航空宠物托运需要去动物医院、动植物检疫部门开相关的《动物免疫证明》、《动物检疫证明》等一些证明，再前往航空公司货运部办理托运手续。
如果是出入境，还必须在出境前到“离境口岸动植物”检疫机关报检，并提供疫苗注射证明等所需的各项证明。经检疫合格的，会签发“动物健康证书”，以此作为宠物出关和进入对方国家时的检疫凭证，只有离境前48小时内发给的健康证书才能有效。
还要从本国登记注册宠物的有关部门领取有效的出境证书。证书上要写明在过去两年里，该宠物居住地无传染病流行。此外，还要提供“狂犬病的免疫注射证”。
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